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L'établissement d'un monastère de Bénédictins au lieu-dit de la Magdelaine, détermina l'agglomération d'une population qui obtint au Moyen-âge des franchises et devint, au commencement du XIIIe siècle, une des plus fortes places de la Guyenne.
C'est à cette époque probablement, qu'elle fut entourée de fossés et de murailles. En effet, on a fait avancer en un angle la ligne des murs, pour respecter l'angle Nord-Ouest de la collégiale ; le mur d'enceinte est donc postérieur à cette partie de l'église qui est romane et qui ne peut être antérieure à 1110, date à laquelle Arnaud Guiraud, archevêque de Bordeaux, constitua l'église de Saint-Émilion. D'autre part, une charte de 1224 porte : «Clausura ville Sancti Emiliani». C'est donc dans l'intervalle de 1110 à 1224 que furent érigées les fortifications de Saint-Émilion.
Il lui fallut le concours de sa position inexpugnable et l'énergie de ses habitants pour résister aux guerres incessantes dont la Guyenne fut le théâtre de 1328 à 1441, et qui portèrent la destruction jusqu'au pied de ses remparts protecteurs.
En 1358, Edouard III permit l'établissement de taxes, dont le produit devait s'appliquer à la réparation des fortifications. En 1389, le duc de Lancastre, lieutenant d'Aquitaine, accordait à la ville un délai de deux ans pour «réparer et fortifier ladite ville». Charles VII, après avoir chassé les Anglais de Guyenne, autorisait, en 1451, l'établissement d'un droit d'octroi pour faire réparer les murs et fortifications de la ville. Les fortifications avaient encore besoin de réparations en 1540. En 1568, les troubles religieux étendirent leurs ravages sur la ville ; des pans de mur, des portes, des tours furent démolis.
Ce qui reste des remparts nous est parvenu sans trop de modifications depuis cette dernière époque, avec leurs douves transformées en jardins. En arrière de ces remparts existent des caves utilisées, en général, par les viticulteurs qui en sont propriétaires.
Des six portes qui étaient percées dans cette enceinte (au Nord, la Porte Bourgeoise ; à l'Est, la Porte Brunet ; à l'Ouest les Portes des Chanoines et de Saint-Martin ; au Sud, la Porte Bouquère ou Bocquère et la Porte Sainte-Marie), une seule subsiste la Porte Brunet.